Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej im. Kazimierza Michałowskiego jest podstawową jednostką organizacyjną w rozumieniu Statutu Uniwersytetu Warszawskiego. Centrum działa na bazie Regulaminu uchwalonego przez Senat Uniwersytetu Warszawskiego. Najnowsza zmiana regulaminu Centrum nastąpiła dn. 9 czerwca 2020 roku.
W Centrum zatrudnionych jest ok. 50 pracowników, w tym osoby pracujące w Stacjach Badawczych CAŚ UW. Spośród pracowników etatowych pracę naukową prowadzi ok. 35 osób. Pozostali pracownicy zatrudnieni są na stanowiskach badawczo-technicznych, administracyjnych i inżynieryjno-technicznych.