Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej UW jest spadkobiercą przedwojennej działalności archeologicznej wybitnego polskiego archeologa i egiptologa prof. Kazimierza Michałowskiego, który w 1959 roku założył Stację Archeologii Śródziemnomorskiej w Kairze. Przez bez mała ćwierć wieku instytucja funkcjonowała z Kairu, otrzymując finansowanie z budżetu państwa.
Profesor Michałowski powtarzał, że Polski nie stać na to, aby nie kopać w Egipcie.
Zmieniające się uwarunkowania w Polsce na początku lat 80. ubiegłego wieku doprowadziły do utworzenia w Warszawie Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej jako jednostki umocowanej na Uniwersytecie Warszawskim, zarządzającej polską strategią prowadzenia badań archeologicznych na terenie wschodniego basenu Morza Śródziemnego i północno-wschodniej Afryki. Od początku istnienia otrzymuje dofinansowanie na podtrzymanie potencjału badawczego w Egipcie i Sudanie, a od 1998 r. na utrzymanie specjalnego urządzenia badawczego. Reforma nauki z 2010 r. przyspieszyła zainicjowany już wcześniej proces przekształcania się Centrum wraz ze Stacją Badawczą w Kairze w instytut naukowy.
Nastąpiły zmiany w strukturze zatrudnienia, zdefiniowano też na nowo kierunki rozwoju i programy badawcze. To otworzyło drogę do znaczniejszego udziału kadry specjalistów z Centrum w szeroko zakrojonych pracach archeologicznych, dokumentacyjnych i konserwatorskich w krajach, w których rozwijały się cywilizacje starożytne – w Egipcie, Sudanie, Syrii, Iraku, Libanie, na Cyprze oraz, w miarę rozwoju instytucji, w innych krajach regionu, takich jak Iran, Jordania, Gruzja, Armenia oraz krajach nad Zatoką Perską, takich jak Kuwejt, a ostatnio również Oman, Arabia Saudyjska i Zjednoczone Emiraty Arabskie.